首先，从成立背景来看，中国科学院成立于1949年，是中国自然科学最高学术机构，也是综合研究中心。它的主要任务是开展基础研究、应用研究和高技术研究，为国家的发展提供科学依据和技术支持。而中国工程院则成立于1994年，主要是为了加强工程技术领域的战略研究和咨询工作，推动工程技术的发展和应用。

其次，在学科领域上，两者也有侧重。中科院涵盖了自然科学的各个领域，包括数学、物理、化学、生命科学等基础学科，同时也涉足一些应用科学和技术领域。而工程院则更专注于工程技术的应用和发展，涉及机械、土木、电子、信息等多个工程领域。

再者，从组织结构和职能上看，中科院是一个综合性科研机构，拥有多个研究所和实验室，从事科学研究、人才培养和国际合作等工作。而工程院则是一个咨询性机构，其成员多为工程领域的专家和学者，主要通过院士大会、咨询委员会等形式，为国家的重大决策提供科技咨询和建议。

最后，两者的影响力和国际地位也有所不同。中科院在国际上享有很高的声誉，尤其是在基础科学研究领域，许多研究成果具有开创性和前瞻性。而工程院虽然成立较晚，但在工程技术领域的影响日益增强，特别是在国家重大工程项目的规划和实施中发挥了重要作用。

综上所述，中国科学院和工程院虽然都致力于推动科学技术的发展，但它们在成立背景、学科领域、组织结构以及职能定位等方面都有明显的差异。了解这些区别有助于更好地认识这两所机构的重要作用和贡献。